Se emite Acuerdo Secretarial 81 el 30 de junio de 2012 en el que establece la clasificación de las Unidades y Establecimientos de Sanidad Naval de esta Institución; clasificándolos por nivel de atención médica. El documento incluye un anexo con la clasificación de las instituciones establecidas para ese año.
Se emite Acuerdo Secretarial 31 el 30 de marzo de 2011 que anuncia la creación de la Clínica Naval de San Felipe con sede en San Felipe, Baja California, dependiendo de la Dirección General Adjunta de Sanidad Naval.
Se emite Acuerdo Secretarial 25 el 8 de febrero de 2003 el cual hace mención de que la Sección Sanitaria del edificio sede de la secretaria de Marina sea elevada a la categoría de Clínica Naval del Sur.