Se emite Acuerdo Secretarial 14 el 24 de enero de 2003 que anuncia la creación de la Clínica Naval Cuemanco, ubicada en la Unidad Habitacional de Cuemanco Xochimilco, y quedando adscrita a la Región Naval Central.
Se emite Acuerdo Secretarial 31 el 30 de marzo de 2011 que anuncia la creación de la Clínica Naval de San Felipe con sede en San Felipe, Baja California, dependiendo de la Dirección General Adjunta de Sanidad Naval.
Se emite Acuerdo Secretarial 66 el 28 de febrero de 2006 que se refiere a la creación de la Clínica Naval de Tapachula con sede en la Ciudad de Tapachula, Chiapas.
Se emite Acuerdo Secretarial 25 el 8 de febrero de 2003 el cual hace mención de que la Sección Sanitaria del edificio sede de la secretaria de Marina sea elevada a la categoría de Clínica Naval del Sur.