Se emite acuerdo secretarial 208 el 30 de julio del 2004 se crea la sección de Coordinación Aeronáutica, dentro de la estructura orgánica de la Coordinación Logística del Estado Mayor General.
Se emite acuerdo secretarial 143 el 15 de septiembre del 2014 anuncia el cambio de denominación la Dirección General Adjunta de Aeronáutica Naval a Coordinadora General de Aeronáutica Naval.
Se emite acuerdo secretarial 92 el 6 de junio del 2005 se crea la Dirección General Adjunta de Aeronáutica Naval como parte integrante de la Subsecretaría de Marina y dependiendo de la Dirección General de Servicios.
Se emite acuerdo secretarial 52 el 20 de mayo del 2001 se crean las unidades de la Comandancia de Aeronáutica Naval integrada con Mando y Estado Mayor y la Comandancia de Infantería de Marina integrada con Mando y Estado Mayor.