Se emite acuerdo secretarial 25 el día 16 de enero de 2008, anuncia la creación de la Unidad de Inteligencia Naval (UIN), dependiendo en su totalidad del alto mando.
Se emite acuerdo secretarial 4 el día 11 de enero de 2013, en donde se anuncia que la Dirección de Justicia Naval deja de pertenecer a la Dirección General Adjunta de Control de Personal, por lo que pasara a depender administrativamente de la Unidad Jurídica.
Se emite acuerdo secretarial 14 el día 15 de enero de 2013, anuncia que deja de pertenecer la Unidad de Comunicaciones e Informática al Alto Mando y pasa a la Subsecretaría de Marina como Dirección General Adjunta de Comunicaciones e Informática.
Se emite acuerdo secretarial 13 el día 11 de enero de 2013, en donde se anuncia que la Dirección General Adjunta de Ingeniería y Mantenimiento, deja de pertenecer a la Dirección General de Servicios, por lo que pasa su administración a la Dirección General de Construcciones Navales.