Se emite Acuerdo Secretarial 007 el día 16 de noviembre de 2011, en donde se anuncia la baja del Buque de Guerra Anfibia clase Panuco ARM MANZANILLO, por no reunir las condiciones de seguridad para poder operar dentro de la Flotilla de Buques Auxiliares del Pacifico en Manzanillo, Colima.
Se emite Acuerdo Secretarial 140 el día 25 de septiembre de 2013, en donde se anuncia la baja del Buque Destructor ARM NETZAHUALCOYOTL, perteneciente a la Flotilla de Buques Destructores de la Fuerza Naval de Pacifico, en Manzanillo, Colima.