Se emite Acuerdo Secretarial 001 el día 9 de diciembre de 2000, en donde se anuncia la baja de los Buques Cañoneros AGUSTIN MELGAR Y FRANCISCO MARQUEZ del servicio activo en la armada de México. Posteriormente, en el Acuerdo Secretarial 073 del día 3 de marzo de 2003, se anunciaría la donación de los Cascos pertenecientes a estos buques al Gobierno Constitucional del Estado de Baja California Sur.
Se emite Acuerdo Secretarial 072 el día 29 de abril de 2014, en donde se anuncia se genera baja de la Unidad de Superficie de Apoyo al Mando Naval clase Arrecife ARM GALLEGUILLA, perteneciente a la Segunda Escuadrilla de Unidades de Superficie de la Armada de México, en Puerto Cortes, Baja California Sur.